年輕的X教授查爾斯（詹姆斯·麥卡沃伊 James McAvoy 飾）和萬磁王埃裏克（邁克爾·法斯賓德 Michael Fassbender 飾）是一對誌向相投的好朋友他們最早發現了自己的超能力並與其他幾個變種人一起在CIA工作引發埃裏克超能力的納粹戰爭販子肖（凱文·貝肯 Kevin Bacon 飾）一直試圖挑起核戰爭而想方設法挑起美蘇兩國的矛盾埃裏克和查爾斯一直與肖手下的變種人戰鬥努力阻止肖的陰謀肖慫恿蘇聯引發古巴導彈危機查爾斯和埃裏克獲知消息後在海灣與肖手下的變種人拉開了對決的一戰最終肖被查爾斯和埃裏克合力消滅可是在這個過程中埃裏克逐漸被肖的政治觀點影響與查爾斯產生裂痕通過海灣的這一戰埃裏克和查爾斯最終決裂一方變成支持人類與變種人和平共存的X教授；另一方堅持通過消滅人類換來變種人興起的觀點自稱萬磁王.........