舞台是象征理性的「青之世界」然而正在遭受由本能支配的「紅之世界」的生命體NightflyO’Note的襲擊與侵略17歲的主人公麻黃Akira就職為青之世界研究員隨後因為能力出眾而被提拔為最前線的戰鬥指揮官受命負責橫跨石垣島和西表島而構成的對位相外防衛機關通稱「琉球LAG」在那裏她遇見了在第五戰鬥單元經過激戰而全軍覆滅之後於四年前成立的第六戰鬥單元「IS」的學生們主人公作為教官率領著又稱「Scared Rider Xechs」的6名騎手（Rider）共同浴血奮戰應對來自異世界的攻擊和威脅在這樣的生活中他們的友情也在逐漸加深