城市在恢複平靜後大反派重新召集舊部卷土重來並勾結外星惡勢力朗格試圖稱霸地球忍者神龜萊昂納多（皮特·普勞澤克 Pete Ploszek 飾）、拉斐爾（阿蘭·裏奇森 Alan Ritchson 飾）、多納泰羅（傑瑞米·霍華德 Jeremy Howard 飾）和米開朗基羅（諾爾·費舍 Noel Fisher 飾）與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾（梅根·福克斯 Megan Fox 飾）、韋恩·芬威克（威爾·阿奈特 Will Arnett 飾）及麵具義警凱西·瓊斯（斯蒂芬·阿梅爾 Stephen Amell 飾）並肩作戰打擊惡徒在史萊德（布萊恩·泰 Brian Tee 飾）逃脫拘留後他與瘋狂的科學家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 飾）及其兩個笨拙的左膀右臂豬麵和牛頭聯合發布了一個控製世界的惡魔計劃在神龜們與史萊德及其同夥對抗的同...