進入了明治時代曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健 飾）已經習慣了神穀道場的安寧生活誰知就在這一天倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三傑之一的大久保利通（宮澤和史 飾）將其請去原來繼承了劍心劊子手身份的誌誌雄真實（藤原龍也 飾）當年被新政府背叛僥幸活下來的誌誌雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃大久保死後深感背負不可推卸責任的劍心隻身上路在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳 飾）還在新月村和誌誌雄有了第一次的遭遇與此同時相樂左之助（青木崇高 飾）、神穀薫（武井咲 飾）、明神彌彥（大八木凱鬥 飾）、齋藤一（江口洋介 飾）也相繼趕往京都陰雲密布的時代醞釀著一場席卷全國的風暴…… 　　本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編