哥斯拉掉入三原山之後日本過了5年平安的日子但是自衛隊為了以防萬一打算以哥斯拉的細胞為成分製造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)以及將之前與哥斯拉對戰時被摧毀的超級武器"Super_X"改造成為"Super X2"此時哥斯拉在三原山裏居然又開始活動使得日本關東地區地震不斷並且使得白神博士將自己女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物死亡於是白神博士便加入ANB計劃同時他將哥斯拉細胞與女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物結合製造了不死植物碧奧蘭蒂但是在一次的事件當中碧奧蘭蒂被釋放出來並且在蘆之湖巨大化此時三原山爆炸哥斯拉再度出現自衛隊無法阻擋哥斯拉 往東京方向移動後來出動了"Super X2"使哥斯拉改變移動方向但是在哥斯拉不間斷的攻擊之下"Super X2也敗下陣來但是沒有想到哥斯拉此時卻朝著碧奧蘭蒂的所在地移動.....